Aunque ha trabajado en otros muchos temas históricos, desde su tesis doctoral de 1969 ha sido recurrente el retorno de Eloy Fernández a los temas de la Ilustración. Por ello se agavillan aquí muchos de ellos. Sean diversas revisiones bibliográficas, historiográficas y teóricas sobre las Reales Sociedades Económicas y en especial la Aragonesa de Amigos del País, y sobre los principales ilustrados. Como temas clave de sus investigaciones económicas figuran aquí, por su rareza y dificultad de obtención, las referidas a la crisis de la ganadería y las Reales Fábricas de cristal y acero de Utrillas. Otros temas menores analizan desde la minería hasta la alimentación y, entre los culturales, la prensa y en concreto la figura del alcañizano Francisco Mariano Nipho y la Historia de las historias de Aragón que, muy renovadoramente, surgen en la segunda mitad del siglo XVIII.